Home:Rコマンダーによる医療統計 > コマンドまとめ

コマンドのまとめ

 ここでは,本書で紹介するパッケージ,コマンドをまとめておきました(第15章のANOVA君は入ってません).
 各章ごとに,その都度入力するのは面倒だとか,あまりよくわからないから,最初に全部設定してしまおう,解析を急ぐのでまずは環境を整えておきたい,という人向けです.
 もし,ちょっとでもRの操作を覚えたい,というのであれば,ここの作業は行わなくても大丈夫です.

Rの理解度別対処法

①Rのインストールから全て自分で行いたい人

 このページは無視して,本書を読んでインストールからコマンド入力まで本書の通りに進めて下さい.コマンド入力が面倒であれば,本ホームページのコマンドをコピー,Rのコマンドラインにペーストして解析してください.
 一通り操作すると,コマンドに対するアレルギーが軽減し,Rを使用してさらに一歩進んだ解析もできるようになると思います.

②Rのインストールは行うが,パッケージ,コマンド入力は簡単にしたい人

 本書に加えて,以下の説明順を追って,コピー,Rのコマンドラインにペーストして進めてください.いくらかRの操作が習得できます.しかし,上述①の作業にも進展させて下さい.

③全ての操作を簡単に済ませたい人(初心者はこちらで)

 改変Rコマンダーをインストールしてください.インストール方法は,「Rコマンダーの別のインストール方法」に沿って行います.それによって,全ての設定は自動に完了します.
 本書のような,面倒なコマンド入力は一切不要になります.全くの初心者で,手っ取り早く,まずはRを動かしてみたいという人向けです.
 Rコマンダーにメニューを付加しただけですので,通常のRコマンダーと同じように使用できます(Rコマンダー自体のプログラムには手を加えていません)
 しかし,統計解析に興味があるなら,後に上述②,①は体験しておいた方が良いでしょう.
 MacOSの対応版もあります.

本書で扱う全パッケージのインストール

 パッケージとは,Rのオプションのようなものです.
 論文などでは,使用したパッケージ名も掲載すれば,より良いと考えます.
 以下の手順に従って作業を進めてみましょう.

前準備① 2章を参考にしてRをダウンロード⇒起動⇒終了してください

 基本となるRをインストールしておきますこちらからダウンロード,実行します.本書を参照してください.MacOSの場合,本書で説明しておりませんが,参考となるwebはいくつかあります.
 インストール後,起動することを確認しておきます.

前準備② 2章の「管理者権限で起動する設定」を行っておく

 起動の設定として,ディスクトップにあるRのアイコンを右クリックして,本文中「●管理者権限で起動する設定」を,必ず行っておいてください.

前準備③ 再びRを起動

 ①②が終わったら再度Rを起動します.
 はじめに,Rgui,Rコマンダーの画面と名称の簡単な説明を見て,用語の確認をしてください.

Rコマンダーのインストール:RGuiのコマンドラインに入力

 上記の手順でRがインストールされた後に行います.
 以降では,Rコマンダー含め,全てのパッケージをインストールします.
 以下に,何やらわけのわからない言語が羅列してありますが,一つ一つ順を追って説明通りに,ゆっくり進めてください.たいていはここで断念するので,先に進めません.実際にやってみると簡単です.
 全パッケージをインストールするためのコマンドは,RGui(もしくはRconsoleという画面)のコマンドプロンプトプロンプト >| のところ()をクリックして点滅していることを確認し,以下の赤字コマンドを全てコピー&ペーストして下さい.
※以下,赤字の入力はこちらのファイルからもコピー&ペースト可能です.内容を全てコピー&ペーストして下さい.
《R4.0.4以前》
install.packages("Rcmdr")
install.packages("lmerTest")
install.packages("coin")
install.packages("agricolae")
install.packages("userfriendlyscience")
install.packages("NSM3")
install.packages("vcd")
install.packages("ResourceSelection")


《R4.0.5以後》
install.packages("Rcmdr")
install.packages("lmerTest")
install.packages("coin")
install.packages("agricolae")
install.packages("rosetta")
install.packages("NSM3")
install.packages("vcd")
install.packages("ResourceSelection")


※テキストでは上部の説明,R4.0.5以降のバージョンでは下部を入力.青字が異なる.

を入力します.

 [Secure CRAN mirrors]のダイアログボックスが出たときは,そのまま,OKボタンをクリックしてください
 インストールが始まります.時間がかかるので,しばらく待ってください.
 RGuiのコマンドラインが >| のように待機状態になれば終了です.
※もし
 >install.packages("ResourceSelection") 
で止まっているときは,もう一度,Enterキーを押します(何度押しても構いません).
コマンドプロンプトが, >| で終わっていることを確認して下さい(となるまで,Enter).
ここの作業は,1回行えばあとは不要です.

パッケージの呼び出し(起動)

 上記入力作業の終了後,以下の赤字をコマンドラインに入力します.
 R4.0.4以前と,R4.0.5以降では異なりますので,注意して下さい.
《R4.0.4以前》
library("Rcmdr")
library("lmerTest")
library("coin")
library("agricolae")
library("userfriendlyscience")
library("NSM3")
library("vcd")
library("ResourceSelection")

《R4.0.5以後》
library("Rcmdr")
library("lmerTest")
library("coin")
library("agricolae")
library("rosetta")
library("NSM3")
library("vcd")
library("ResourceSelection")

 貼り付け後に警告がでます.その際は,[OK]または[Yes],[はい]をクリックします.
 「無いパッケージをインストールする」のダイアログボックスが出るので,[OK]をクリック.
 再度,[Secure CRAN mirrors]のダイアログボックスが出たときは,そのまま,OKボタンをクリックしてください
 RGuiのコマンドプロンプトが >| のように待機状態になればOKです.Rコマンダーも起動します.
異常な時は,再度,「Rコマンダーのインストール:RGuiのコマンドラインに入力」からやり直して下さい.

 確認が終わったら,いったんRをRGuiの右上×で終了してください.,『作業スペースを保存しますか?』の問いに必ず[はい]で終了してください.一度,この作業を行うとあとは不要になります.
ここの作業は,起動のたびに必要となります.ここの作業を省略したい場合は,次のアイコン設定を変えてください.

Rコマンダー起動アイコンのプロパティの設定

①ディスクトップにあるR起動のアイコンを,右クリックします.
②メニューからプロパティを選びます.
③[リンク先(T)]をみます."C:\Program Files\R\R-x.x.x~のようなパスになっています.(xは数字)
④[リンク先(T)]のパスをクリックして,記述の一番右までカーソルを移動します. --cd-to-userdocs といった記述があります.
--cd-to-userdocs を ここをクリックして表示された内容で上書きして下さい.
 コピー&ペーストで上書きして下さい.
⑥貼り付け後,OKボタンをクリックします.「これらの設定を変更するには…」と出たら,[続行]をクリックします.

上記作業後の保存

 上記作業後のRの終了時に,RGuiで終了し,『作業スペースを保存しますか?』の問いに必ず「はい」で終了してください.それによって,上記の作業が保存されます.
 Rを終了するところまでで,終わりです.

以上の作業によって,各章に書かれてある『パッケージのインストール,呼び出し』といった記載の作業は不要になります.
 第15章のANOVA君の設定だけは,第15章のページで,さらに追加設定してください.



ページ上部へ | メインページへ


関連Site MENU

Design by Megapx  Template by s-hoshino.com
Copyright (C) Eiki Tsushima All Rights Reserved.