Home:Rコマンダーによる医療統計 > 第10章

パッケージのインストール

NSM3とcoin,userfriendlyscienceの3つのパッケージをダウンロードします.
R4.0.5以降を使用の場合は,userfriendlyscienceを rosetta に変更
本章ではR(RGui)のメニューから個々にダウンロードしていますが,コマンドプロンプトからダウンロードする方法もあります.
1) RGuiのコマンドプロンプトに,以下の文(3行まとめて)をコピー&ペーストし,Enterを押します.

install.packages("NSM3")
install.packages("coin")
install.packages("userfriendlyscience")
R4.0.5以降を使用の場合は,userfriendlyscienceを rosetta に変更
install.packages("rosetta")

 [Secure CRAN mirrors]というダイアログボックスが現れるので,そのまま[OK]をクリックします(Rを起動してから一度もパッケージをインストールしていない場合).

コマンドプロンプトが待機状態 
>|
または
警告: パッケージ ○○' は使用中のため、インストールされません
と出たらダウンロード終了です.


2) 次に,コマンドプロンプトに,以下の文(2行まとめて)をコピー&ペーストし,Enterを押します.

library("NSM3")
library("coin")
library("userfriendlyscience")
R4.0.5以降を使用の場合は,userfriendlyscienceを rosetta に変更
library("rosetta")

何も起こりませんが,起動(呼び出し)は成功しています.

ディスクトップショートカットのプロパティの変更(行わなくても後回しにしても良い)

ディスクトップショートカットのアイコンのプロパティを変更すると,コマンドプロンプトで,いちいち, library(NSM3) とか, library(Rcmdr) と入力しなくても済みます.
 その手順を説明します.
 ディスクトップにRコマンダーを起動するショートカットがあるはずです.
Rコマンダーを起動するショートカットを右クリックします.
メニューから[プロパティ]を選びます.新たに出てきた画面で,[リンク先(T)]のところに,

B:\R-x.x.x\bin\x64\Rgui.exe R_DEFAULT_PACKAGES="Rcmdr"
※環境によって,BがCだったりxが数字だったりしますので気にしないで下さい.

のような表記があります.
 この,後半の部分,Rgui.exe R …以降に注目して下さい.

Rgui.exe R_DEFAULT_PACKAGES="Rcmdr"

または

Rgui.exe --cd-to-userdocs

となっていると思います.ここを

Rgui.exe R_DEFAULT_PACKAGES="Rcmdr","NSM3","coin","userfriendlyscience"
R4.0.5以降を使用の場合は,userfriendlyscienceを rosetta に変更
Rgui.exe R_DEFAULT_PACKAGES="Rcmdr","NSM3","coin","rosetta"

で書き換えます.コピー&ペーストで書き換えて下さい.

Kruskal-Wallisの検定後のSteel-Dwassの多重比較法について

 1つ上の,ディスクトップショートカットのアイコンのプロパティを変更しなくても行えます.

 第9章のデータ(データ名も第9章)を使って,“性別と運動習慣”の要因,つまり4群で“上体起こし回数平均”に差があるかどうかをKruskal-Wallisの検定で確認した直後であれば,Rコマンダー画面の上半分「Rスクリプト」のところ(複数行あるときは何れかの行)に,

kruskal.test(上体起こし回数平均 ~ 性別と運動習慣, data=第9章)

というコマンドが残っているはずです.
 このコマンドの下の行に,Steel-Dwassの多重比較法を行うコマンドを,以下のように入力します.
コピー&ペーストが無難です

pSDCFlig(第9章$上体起こし回数平均,第9章$性別と運動習慣,method="Asymptotic")

※日本語部分以外はカンマもカッコも全部半角入力です大文字小文字も間違わないようにして下さい.

 このコマンドの意味は,

pSDCFlig(データ名$差を見たい変数名,データ名$要因(群分け変数)の名前,method="Asymptotic")

となっています.
 データ名のところと,差を見たい変数名,要因の名前の部分を書き換えれば,どんなデータでもSteel-Dwassの多重比較法が行えます.

入力したら,マウスでコマンドの入力行の全てを範囲指定して[実行]ボタンをクリックします.

コマンドを使用したGames-Howellの多重比較法

 Steel-Dwassの多重比較法を行うコマンドは,以下のようでした.

pSDCFlig(第9章$上体起こし回数平均,第9章$性別と運動習慣,method="Asymptotic")

 Games-Howellの多重比較法ではこのコマンドを,

posthocTGH(第9章$上体起こし回数平均,第9章$性別と運動習慣, method= c("games-howell"))

と変更します.太い黒字部分が異なります.
 もちろん変更しなくても,これをRコマンダーの上半分空欄,Rスクリプトに,コピー&ペーストすればOKです.

 データ名のところと,差を見たい変数名,要因の名前の部分を書き換えれば,どんなデータでもGames-Howellの多重比較法が行えます.

入力したら,マウスでコマンドの入力行の全てを範囲指定して[実行]ボタンをクリックします.

改変Rコマンダーで解析する場合

改変Rコマンダーをダウンロード,インストールしておいてください.
こちらの資料を参考に操作してください.上記手順はすべて不要です.
※例題が異なっていますので,変数名が違います.


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