改変Rコマンダーでは,反復測定要因を含む単純主効果については,必要があれば自動で出力されます.
通常の2元配置,3元配置,4元…の分散分析では,単純主効果は出力されません.
それではどうやって行うか,ですが,最も簡単な方法であれば,各水準ごとのデータを,改めてつくっておくのが良いと思います.
例えば,要因A(a,b,c群)と要因A(1,2,3群)があったとき,要因Aのa群で要因A(1,2,3群)のデータ,要因Aのb群で要因A(1,2,3群)のデータ,要因Aのc群で要因A(1,2,3群)のデータをエクセルでつくります.
次に,要因Aの1群で要因A(a,b,c群)のデータ,要因Aの2群で要因A(a,b,c群)のデータ,要因Aの3群で要因A(a,b,c群)のデータをつくります.
煩雑にはなりますが,これらのデータを一つずつ読み込んで1元配置分散分析で解析し直すという方法です.